Het economisch gebruik van waterstof voor de aandrijving van voertuigen kent een aantal uitdagingen. De productiekosten van waterstof zijn nog steeds relatief hoog, vooral wanneer het op duurzame wijze wordt geproduceerd uit hernieuwbare energiebronnen. Elektrolyse, het proces waarbij water met behulp van elektriciteit wordt omgezet in waterstof en zuurstof, kost veel energie en is daarom duur. Momenteel is de meeste waterstof die op de markt verkrijgbaar is niet afkomstig van hernieuwbare energiebronnen (groene waterstof), maar van de reforming van aardgas, een proces waarbij CO2 vrijkomt (blauwe waterstof). Maar in de toekomst zal deze situatie veranderen en zal waterstof steeds groener worden. Naast de hernieuwbare energiebronnen die speciaal zijn ontworpen voor de productie ervan, zal overtollige energie die bijvoorbeeld wordt geproduceerd tijdens winderige perioden of op het hoogtepunt van de zomer, een bijzonder belangrijke rol spelen.
De infrastructuur voor waterstoftankstations is nog niet wijdverspreid, wat de beschikbaarheid en bruikbaarheid van waterstofauto's beperkt. Het installeren van nieuwe tankstations is duur en zonder een aanzienlijk aantal voertuigen dat er gebruik van maakt, is de winstgevendheid voor investeerders twijfelachtig.