L'utilisation économique de l'hydrogène pour la propulsion des véhicules est confrontée à plusieurs défis. Les coûts de production de l'hydrogène sont encore relativement élevés, en particulier lorsqu'il est produit de manière durable à partir d'énergies renouvelables. L'électrolyse, le processus qui décompose l'eau en hydrogène et en oxygène en utilisant de l'électricité, consomme beaucoup d'énergie et est donc coûteux. Actuellement, la majeure partie de l'hydrogène disponible sur le marché ne provient pas de sources d'énergie renouvelables (hydrogène vert), mais du reformage du gaz naturel, un processus qui génère des émissions de CO2 (hydrogène bleu). Mais à l'avenir, cette situation va changer et l'hydrogène deviendra de plus en plus vert. Outre les sources d'énergie renouvelables spécialement conçues pour sa production, les surplus d'énergie produits par exemple en période de vent ou en plein été, joueront un rôle particulièrement important.
L'infrastructure des stations de ravitaillement à hydrogène n'est pas encore très répandue, ce qui limite la disponibilité et l'aspect pratique des voitures à hydrogène. L'installation de nouvelles stations-de ravitaillement est coûteuse et, sans un nombre conséquent de véhicules utilisant ces stations, la rentabilité pour les investisseurs est discutable.